All'inizio del secolo successivo si registra un diverso atteggiamento. Sia Pietro d'Abano (1250-1315), il famoso professore padovano di Medicina, che Francesco Stabili, meglio noto come Cecco d'Ascoli, mostrano un grandissimo interesse per quella che sarà poi denominata "astrologia medica". Cecco d'Ascoli scrisse infatti: "Oportet medicum de necessitate scire ac considerare naturas stellarum et earum coniunctiones ad hoc ut diversarum aegritudinum et dierum criticorum habeat notionem", aggiungendo anche la sentenza attribuita ad Ipparco: "medicus sine astrologia est quasi oculus qui non est in potentia ad operationem" (24). L'astrologia medica includeva l'uso degli oroscopi e questo richiedeva una conoscenza più dettagliata dell'astronomia matematica di quanto non fosse giudicato necessario quando questa disciplina era apprezzata essenzialmente per il suo contenuto culturale, nel contesto delle arti liberali. In particolare era necessario insegnare le procedure per il calcolo delle longitudini dei pianeti e quelle per l'uso dell'astrolabio, il meraviglioso calcolatore analogico che permette di determinare, ad ogni data ora di un qualsiasi giorno dell'anno e senza fatica, le posizioni nel cielo delle stelle, dei pianeti e dell'eclittica e i cui principi di funzionamento, basati sugli sviluppi più avanzati della geometria greca, restavano per i più misteriosi. Tutto questo è confermato dall'esistenza di un commento alla Theorica Planetarum di Gherardo da Sabbionetta (XIII sec.) scritto nel 1318 da Taddeo da Parma per gli studenti di arti mediche di Bologna (25). Questo corto trattato spiega in che modo sia possibile ottenere, con facili procedure grafiche, le longitudini dei pianeti dalla macchina tolemaica.
Anche dal punto di vista istituzionale le cose stavano rapidamente prendendo forma. Nel 1287 furono accordati all'Università degli Artisti gli stessi privilegi dei quali già dal 1150 godeva l'Università dei Legisti (26). Nel 1289, per la prima volta, un insegnamento di medicina fu salariato dalla municipalità e nel 1334 questo privilegio fu esteso alla lettura di Astrologia, che divenne così il nono insegnamento salariato dello studio ed ebbe presumibilmente sede nella attuale via IV Novembre, allora via Porta Nova, dove si tenevano anche gli insegnamenti delle scuole di Medicina, Filosofia e Retorica, come ricorda la lapide che oggi vi si trova (27). Nel 1379 furono date contemporaneamente a Biagio da Parma, meglio noto come Biagio Pelacani (?-1416), le letture di Filosofia e di Astrologia, il che ci conferma lo stretto legame della lettura di astrologia con gli studi di Medicina.